蔡元培第二次出任北大校长。蔡元培第一次出任北大校长是他51岁，到61岁卸任，但实际上在校时间不足5年，期间他曾七辞北大校长而不准。

七次辞职，各有原因。第一次辞职是因为张勋拥宣统废帝复辟，他离京到了天津，提出辞去北大校长一职。不过复辟闹剧只玩了12天就完蛋了。他于当月23日回北大。第二次辞职是因为北大学生要到北洋政府请愿，反对中日一个军事协定，他劝说不成，当天请求辞职。第三次辞职是在五四运动期间，学生游行到天安门，北洋政府抓了许多北大学生。他奔走要求释放，等5月7日学生一放出来，他就公开通电，引咎辞职，实际上他也是以辞职表示和北洋政府的不合作。结果因为政府一再挽留，包括总统徐世昌在内，他辞职不成。第四次辞职是在1919年12月31日，北京教职员因为不信任教育部，全体停止职务，他作为校长当然要辞职。第五次辞职原因有点例外，因为北大学生发生讲义风潮，对讲义收费不满而闹事。他愤怒了，甚至对学生说：“我是从手枪炸弹中历炼出来的，你们如有枪炸弹，尽不妨拿出来对付我”。蒋梦麟记得他还说“我和你们决斗”。这次风潮由胡适调停解决。

第六次辞职是因为曾经在北大任教、当时担任财政总长的罗文干被冤枉逮捕，本来司法机关查无证据将罗放了。不料教育总长彭允彝竟然在国务院会议上提案将罗再抓起来。他了解罗的人格和清白，为了抗议行政干预司法，不与违背法治、腐败无耻的北洋政府同流合污，他向总统和教育部提出辞职，并公开在《北京大学日刊》发表辞职声明。还写了一篇《关于不合作宣言》的文章，发表在上海《申报》。直到这年6月23日，在杭州西湖边“平湖秋月”的大杨树下，他还要和胡适商定三个稿子，分别是给北京各校教职员联席会议、北大教职员和北大学生会的公开信，继续他和军阀政府的不合作。他的这次辞职社会反响很大，舆论强烈，彭允彝也因此下台。总统黎元洪出面挽留，他辞职不成，但不再到校，由蒋梦麟代理。奇怪的是北洋政府始终没有免他的职。1926年6月28日，也就是三年半以后，他从欧洲回国，第七次提出辞职，仍没有获准，但他没有再回到北大。加上北大师生和北京九个学校的恳切挽留，又没有辞成。一直到了1927年7月军阀张作霖取消北大改为京师大学校，他的校长名义才取消。